Genomcis Wageningen Food Safety Research

Genomics

Genomica, de studie naar erfelijkheid en genen (DNA) in een cel of organisme, speelt een belangrijke rol bij het microbiologisch onderzoek van Wageningen Food Safety Research. Bij het onderzoeken van bacteriën wordt veel aandacht besteed aan Genomics. Ook het virologie-onderzoek maakt meer en meer gebruik van Genomics toepassingen.

Bij Genomics werken we bijvoorbeeld aan het in kaart brengen van het gehele DNA van bacteriën: whole genome sequencing (WGS). Deze onderzoeken leveren een schat aan informatie op. WGS maakt het mogelijk om stammen uit verschillende voedselproducten met elkaar te vergelijken. Is een genoomsequentie al eerder aangetroffen? Hebben ze een gedeelde herkomst?

Whole genome sequencing en metagenomics

Gevonden genoominformatie wordt gedeeld in een database en in samenwerking met het RIVM ook vergeleken met humane gegevens in deze database. De informatie kan ook worden gebruikt om functionele eigenschappen van bacteriën te voorspellen, zoals antibiotica resistentie. WGS voeren we onder meer uit op de bacteriën Listeria, STEC, Salmonella en Campylobacter (‘Big Four’).

Ook houden we ons bezig met metagenomics, een ontwikkeling waarbij het mogelijk wordt om niet alleen gericht naar één bacterie te zoeken, maar veel breder te meten. Zo kan Wageningen Food Safety Research ook in de toekomst vooroplopen in het onderzoek naar veilig en betrouwbaar voedsel.

Aanmelden en inzenden bacteriële isolaten

Als u afspraken hebt gemaakt over het aanmelden en inzenden van bacteriële isolaten kunt u dat met dit formulier doen.

Met WFSR delen wij real-time WGS data zodat sneller potentiele bronnen van uitbraken kunnen worden geïdentificeerd. De onafhankelijke bioinformatica analyses vormen een zeer waardevolle peer-check voor onze analyses

Eelco Franz - RIVM - Head of Department Epidemiology and Surveillance Enteric Infections & Zoonoses

Vooroplopen in het onderzoek naar veilig en betrouwbaar voedsel

Hieronder meer over onze werkzaamheden en hoe we daarmee bijdragen aan voedselveiligheid:

Moleculaire typering

Onderzoek naar de genoomsequentie van bacteriën wordt gedaan bij listeria, STEC, Salmonella, Campylobacter, Vibrio en B. cereus. Voor deze bacteriën wordt een moleculaire typering uitgevoerd. De moleculaire typering is een verwantschapsanalyse die wordt gebruikt om de herkomst van een isolaat te bepalen. Het bepalen van de verwantschap (clusteren) van deze isolaten helpt bij de bronopsporing.

Verwantschapsbepaling met behulp van Whole Genome Sequencing en Multilocus Sequence Typing (MLST)

Functionele typering

Functionele typering is het vastleggen van verschillende eigenschappen van een bacterie. Hiermee kan de antibioticaresistentie worden voorspeld en worden gelinkt aan de fenotypische resistentie (Fenotypische en genotypische karakterisering). Daarnaast analyseren we ook de virulentie (mate van pathogeniteit) en persistentie, de mate waarin een bacterie kan overleven. Dit gebeurt bijvoorbeeld door de genen die bestand zijn tegen schoonmaakmiddelen te coderen. Technieken die we hiervoor inzetten zijn onder meer ‘comparative genomics’, CRISPR-analyse en methylerings-typering.

Metagenomics

In het huidige onderzoek wordt vaak gezocht naar één bacterie-isolaat vanuit één monster. In de toekomst zal het steeds vaker mogelijk zijn om veel breder te meten en niet specifiek op zoek te gaan naar een bepaalde soort. Dit vindt plaats door direct DNA te isoleren van het te onderzoeken monster en te sequencen. Deze toepassing van genomica, die nog volop in ontwikkeling is, noemen we metagenomics.

ICT en software

De onderzoekers die zich bezighouden met genomics streven ernaar om volledig up-to-date te zijn met hoe onderzoek technisch uitgevoerd kan worden, zeker op het gebied van computertechnologie en software. In de praktijk betekent dit bijvoorbeeld dat we onze analyses zoveel mogelijk uitvoeren op het High Performance Computing Cluster (HPC) van Wageningen University & Research (WUR).

Lees meer over onze microbiologie expertises virologie, bacteriologie en antimicrobiële resistentie onderzoek (AMR).

Publicaties

Meer publicaties